20世纪70年代吴敦就进入电影圈做制片。第一部挂名的电影是《金榜浪子吴政辉》。那时候，他岳父家邻居赖慧中副导演，知道吴敦认识一些电影圈朋友，就怂恿他一起拍片，题材是蒋介石奖励过的监狱考试奇才吴政辉，正愁无正事可做的吴敦一拍即合，两人连忙找资金拿版权拍下了这部电影。就这样，赖慧中第一次当上了导演，吴敦则第一次正式挂名制片。

20世纪70、80年代，港台黑帮势力渗透电影圈严重，在那个欺行霸市的时代，太过忠厚不懂潜规则都难以生存。因此，早年混迹江湖人称“鬼见愁”的吴敦大受导演欢迎，他在片场扮演所谓的“武力制片”角色，其主要工作就是与其他的电影公司抢轧戏的演员，许多当红明星都是靠他带人拿刀去拍戏现场把他们抢回来。

80年代初，蔡扬名化名为“欧阳俊”，所执导的几部电影，如《快乐英雄》、《望子成龙》、《女性的复仇》等都是吴敦做的制片；随着在业界声名远扬，吴敦更加受到了外面电影公司的追捧，大导演张彻来台拍《五遁忍术》、王时政拍《黑色大亨》、郭追拍《荡寇英雄传》、刘家昌拍《圣战千秋》等，都是找他做的制片。

吴敦拍摄电视剧除了追求收视，也十分重视戏剧的质感与水准，2003年一开春就特别重金礼聘知名电影导演关锦鹏，投入拍摄文学大戏《画魂》，并邀请香港美女李嘉欣与大陆演技派性格男星胡军搭档，再加上刘烨、伊能静、庹宗华等坚强阵容，藉30集电视剧重新勾勒当年只有巩俐勇於诠释的民初女画家潘玉良精彩的一生。

2003年，邀请贾静雯与功夫皇帝赵文卓搭档，拍摄逗趣又充满传奇的爱情古装大戏《神医侠侣─缇萦》，结合动画特效与扎实的拳脚功夫，让整出电视剧的声光效果又向上提升到另一新的视觉境界。

2004年上半年，吴敦秉持坚持做好戏的心情，继续筹拍《秦王李世民》、《少年宝亲王》与《铁齿铜牙纪晓岚3》等三部精致古装好戏，并且在2004下半年及2005下半年，结合中、港、台、韩四地明星阵容，陆续开拍《边城小子》、《宋莲生坐堂》、《刁蛮公主》、《胡同王爷》、《少年嘉庆》五部超级大戏。

2007年，吴敦投资拍摄电影《大灌篮》，主角锁定周杰伦。在评价周杰伦时。吴敦说：“他是个很有理想的年轻人，也想替台湾电影出力。正好这部片符合他爱打篮球，而且角色中还有点李小龙的味道，一举数得！”、“周杰伦的《头文字D》很卖座，也是目前台湾电影要走达成商业目的的新希望。”

2008年，投资冒险动作大片《刺陵》，周杰伦确定接演，盛传片酬港币2000万元，吴敦表示：“价码数字我不会说，因为杰伦的才华、情义都是无价的。”吴敦表示，《刺陵》的团队包括武术指导程小东、美术设计奚仲文、摄影赵小丁等《功夫灌篮》的强劲班底，成本更高达1亿人民币。

2011年，与浙江华策影视股份有限公司合资投拍40集武侠电视剧《天涯明月刀》。据悉，《天涯明月刀》首轮独播价约120万/集，累计单集销售价格可达250万，将华策的股票价格带到一个新高点。且，《天涯明月刀》在湖南卫视播出之前，湖南卫视的收视率排名已在第五名左右徘徊数月。《天涯明月刀》在湖南卫视的播出，帮湖南卫视重新夺回了收视率第一的宝座，被戏称为湖南卫视的“收视率救星”。《天涯明月刀》的火爆掀起了新一轮武侠剧热潮。

2013年，吴敦正式宣布投资拍摄新版《天龙八部》。他还透露，为了突出与其他版本的差异，新《天龙八部》将走清新风格。谈起制片，吴敦总会变得滔滔不绝：“好的制片人还可以看出导演的问题，当然有些超级大的导演往往有自己的风格和成就，这就没办法干涉，但如果是一般的导演，他是否有缺失或者其他的不足之处，一个很出色的制片人就能知道。制片人不是你准备了多少钱就可以做的，你要从题材到拍摄、出路、市场、宣传等等该怎么做都要考虑，然后去想怎么结合起来。“

江南案

吴敦生长于公务员家庭，个性叛逆，早年是竹联帮分子，十四岁即追随陈启礼，后来为台湾军情

特务系统吸收。1984年，吴敦与陈启礼、董桂森在美国枪杀刘宜良（江南）。刘宜良遗孀崔蓉芝女士至今表示此案“有凶手，无主谋”。后来吴敦曾透露，当年他和陈启礼及董桂森返台隔日即奉命向汪希苓报告，汪希苓当场打电话向上级报告已在美国制裁了江南，吴敦描述汪希苓报告时神色恭敬，不断称“是、是、是”。吴敦说：“汪希苓若非向重要上级报告，不可能是这种神情”，言下之意，就是指蒋经国是幕后黑手。面对“江南案”的风风雨雨，吴敦曾表示：“任何一个在那种教育之下成长的孩子，她没有拒绝的能力和思考的判断，所以当时我们去做的时候，我们很坦然，我们觉得我们去做了一件应该做的事，没有一点点内疚，没有一点点觉得是不对的。”吴敦与陈启礼后来依“非法持有枪械、共同谋杀、非法结社”被判无期徒刑，中间经过减刑，关了六年多出狱。出狱后从事电影事业。

与贾静雯

吴敦是贾静雯婚前走红中国大陆的重要推手，他开的戏，贾静雯档档都是女主角，也因此传出包养绯闻，还传吴敦送贾静雯一栋价值五千万的房子。吴敦不堪流言困扰主动提议收贾静雯当干女儿，澄清两人只是“父女”。

2005年，吴敦与女星郑家榆交往，对方不断怀疑他与贾静雯关系，吴敦对天发誓说“我连她的小指头都没摸过”，情急之下还脱口说出：“跟她在一起的是我兄弟周令刚（资深制作人，大陆“飞腾影视基地”创办人），是他托我照顾她的。”周令刚还为此骂他荒唐。