廓尔喀与后藏交界，贸易关系密切。乾隆帝五十三年，藏廓发生贸易纠纷，适逢六世班禅之弟沙玛尔巴正与其兄仲巴呼图克图发生内争，沙玛尔巴请求廓尔喀兵相助。于是，廓尔喀兵以“西藏运往之食盐掺土”等为借口，乘机进攻西藏。

乾隆五十三年（１７８８年）六月，素尔巴尔达布率廓尔喀兵３０００人，先后占领西藏南部边境之聂拉木、济咙宗（今西藏吉隆东南）、宗喀宗（今吉隆）等地，围攻协噶尔宗（今西藏定日）。

七月，清军反击。命驻藏大臣雅满泰率驻藏绿营兵及驻达木厄鲁特蒙古兵，前往札什伦布（今西藏日喀则）慰问班禅，并与班禅之兄仲巴呼图克图部署沿边防御；命驻藏大臣庆麟主持前藏地区之防御；命四川总督李世杰、四川提督成德，抽调满、汉、藏兵４０００余人，由成德统领，驰赴后藏，命尚在热河之成都将军鄂辉速返成都，至西藏统兵。为保证作战军队粮草，暂拨达赖、班禅库存，并于藏内买粮。乾隆帝并遣御前侍卫巴忠为钦差大臣，赴藏主持用兵。时西藏驻有清军５００人，藏兵１６００人，台站兵１３００人。庆麟在接到朝廷谕旨之前，便调藏内５００人绿营兵及察木多、达木等兵７００人，分路堵御廓尔喀侵略军。四川总督李世杰亦于成都抽调满兵５００名，绿营兵１３００人，屯练降“番”兵１２００人，俱交提督成德、总兵穆克登阿率领，经由打箭炉（今四川康定）、巴塘、里塘（今四川理塘）、察木多，驰赴后藏。但是，当清军日夜兼程，奔赴藏廓边境之时，达赖喇嘛、仲巴呼图克图和噶布伦班第达、庆麟、雅满泰等，已私下同廓尔喀议和，后得到巴忠、鄂辉、成德等赞同。

乾隆五十四年（１７８９年）初，藏廓签定协议，由西藏噶布伦每年向廓尔喀交纳元宝３００锭，作为聂拉木、济咙宗、宗喀宗三地的赎金，廓尔喀退兵。此事，巴忠、雅满泰等隐瞒不上报。三月，鄂辉等率清军“收复”失地。因廓尔喀兵先已陆续撤回，故未遇任何抵抗。六月，清廷调整西藏之防务，加强札什伦布等地防兵，于宗喀宗、聂拉木、济咙宗等要地修砌卡碉。并调整与廓尔喀贸易之政策。清军此次出兵虽未交战，已耗费军饷百余万两白银。巴忠以有功之臣离藏回京。

乾隆五十六年（１７９１年）六月，廓尔喀人以大清国藏方未按约付足银元为由，出兵千余，再次进攻西藏，夺占聂拉木。噶布伦丹津班珠尔等被裹往廓尔喀。八月初，廓尔喀兵向西藏发动进攻。一路由济咙进入，围攻宗喀，遇教习汉兵陈谟、潘占魁率４００名藏兵坚守，于久攻后退回济咙。一路由乌咙入侵，滋扰定结。入侵聂拉木之廓兵逐渐增至干余人，抢占定日。第巴济仲喇嘛噶冲带领藏兵退守胁噶尔。八月二十一日，廓尔喀兵侵据后藏首府札什伦布，肆行抢掠。七世班禅丹贝尼玛退居拉萨，全藏大震，达赖、班禅飞奏朝廷告急。时巴忠护驾避暑山庄，闻变畏罪自杀。鄂辉、成德等将罪责推给巴忠一人，仍骗得清政府信任，率领川军４０００人，由打箭炉前往西藏，抗御入侵者。九月十二日，廓尔喀兵３０００余人由兴萨开进，夺占定结。十月十二日，都司严廷良率藏兵、汉军及达木兵７００余名，连打三仗，于十一月初一日，收复定结。时雅满泰先后咨调内地官兵７０００余人，但行进缓慢，迟滞途中。十月二十六日，乾隆帝命黑龙江将军都尔嘉，于索伦、达呼尔（今达斡尔）兵丁内挑选１０００人，齐赴京师。十一月初二日，清廷授福康安为将军，海兰察、奎林为参赞大臣，统兵经青海入藏作战。随后又免去鄂辉、成德职，以惠龄为四川总督，奎林为成都将军。乾隆五十七年（１７９２年）正月二十日，福康安率领清军抵达前藏。时西藏境内清军和藏兵已收复拍甲岭、聂拉木（

参见聂拉木之战）等地。廓尔喀国王遣使求和。

乾隆帝希望灭亡廓尔喀，故拒绝和议，于三月十五日命福康安为大将军，统领精兵进攻廓尔喀国。三四月间，游击关联升、总兵袁国璜等部３０００人先后抵达前线。而廓尔喀则在济咙、绒辖尔（今定结南，中国境内）等处砌卡筑碉，添兵据守。闰四月二十五日，福康安、海兰察率清军６０００人，由拉子（今西藏拉孜）出发，开赴绒辖尔、聂拉木等处，五月初七日，福康安所部攻下擦木要隘；初十日，收复济咙、十二日，成德、岱森保等部收复聂拉木以南要隘木萨桥。至此，清军扫清擦木至济咙段边境。十三日，福康安率军由济咙热索桥进入廓尔喀境内，企图直捣廓尔喀首都阳布（今加德满都）。十八日，清军抵旺噶尔，已深入廓尔喀境内１７０里，未遇阻拦。而廓尔喀兵已收缩至阳布以北地区，严密布防。十九日至二十七日，清军突破横河防线（参见横河之战）；六月初九日，又突破东觉防线。之后，清军在雍雅山受阻，前后受敌，损失严重，且不服水土，粮饷不济。阳布以北尚有重山大河，防范森严。鉴于此，福康安于七月初八日奉旨与廓尔喀议和。八月二十一日，清军撤军回国。

此战，清军第一次期作战不利，西藏地方政府接受屈辱条件而议和，招致廓尔喀兵再次入侵。后期，乾隆帝决心坚定，福康安指挥果断，清军连续作战，大败廓军，保卫了清国领土。清军深入廓尔喀境内以图捣穴擒首，但受制于后勤补给艰难等原因，未能达到灭廓尔喀的目的，一定程度上劳师损兵。不过此次反击战对于以后稳定中廓关系具有十分重要的意义，廓尔喀经此战被打服，成为清朝最后一个也是最长久的藩属国。

征讨廓尔喀的战争，前后持续了一年有余，这场战争清朝投入了大量的人力、物力、财力，打击了外来侵略者，巩固了祖国西南边陲，解除了西藏地方的灾难，深得西藏人民的拥护。