崇祯十三年江南遭大水，十四年有旱蝗并灾，十五年持续发生旱灾和流行大疫。地方社会处在十分脆弱的状态，盗匪与流民并起，各地民变不断爆发。为剿流寇，明思宗先用杨鹤主抚，后用洪承畴，再用曹文诏，再用陈奇瑜，复用洪承畴，再用卢象升，再用杨嗣昌，再用熊文灿，又用杨嗣昌，十三年中频繁更换围剿闯军的将领。这其中除熊文灿外，其他都表现出了出色的才干。然皆功亏一篑。李自成数次大难不死，后往河南聚众发展。

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此时北方皇太极又不断骚扰入侵，明廷苦于两线作战，每年的军费“三饷”开支高达两千万两以上，