永历十五年(1661年)，郑成功原部将黄梧降清后，向清廷密陈“灭贼五策”，其中第三、四策直接针对郑芝龙和郑家祖坟：“三，其父郑芝龙羁縻在京，成功赂商贾，南北兴贩，时通消息。宜速究此辈，严加惩治，货物入官，则交通可绝矣。四，成功坟墓现在各处，叛臣贼子诛及九族，况其祖乎?悉一概迁毁，暴露殄灭，俾命其脉断，则种类不待诛而自灭也。”这是十分阴险毒辣的计谋。

　　自郑成功海上起兵抗清以来，清廷就一再利用郑芝龙逼迫郑成功就抚，郑成功不为所动，拒不投降，清廷遂加紧迫害郑芝龙，1655年，清廷削郑芝龙爵;1657年，郑芝龙被流放宁