早年经历

司马绍幼年聪明，受到父亲司马睿特殊的宠爱。 永嘉元年（307年），司马绍随父亲司马睿一同移镇建业（后改建康，今江苏南京）。

建兴元年（313年），晋愍帝司马邺继位，升任司马睿为左丞相 ，司马绍拜任为东中郎将，镇守广陵。 

建武元年（317年）三月初九日，司马睿即晋王位 。四月初四日，司马睿立司马绍为晋王太子。 

太兴元年（318年）三月初十日，司马睿即位称帝，是为晋元帝。 三月二十四日，晋元帝立司马绍为皇太子。 

司马绍性情极为孝顺，有文才武略，敬贤爱客，喜好文章辞藻，当时的名臣，从王导、庾亮到温峤、桓彝、阮放等，都被亲近看重。曾经与大臣们辩论圣人真假之意，王导等人的意见也不能使司马绍屈从。又好习武艺，善于安抚将士。当时江东人才济济，远近都归心于司马绍。王敦之乱时，王室六军溃败，司马绍欲率将士与叛军决战，登上车子将要出发，中庶子温峤坚决谏阻，抽剑斩断马套绳，这才作罢。王敦平素认为司马绍神武有明略，为朝野人氏所钦佩信赖，打算用不孝的罪名废黜他。于是大会百官，当众问温峤：“皇太子有什么功德值得称道？”声色俱厉，定要使温峤说出废太子的话。温峤回答说：“探讨高深的治国之道，使国家长治久安，这不是见识短浅的人所能认识的。从礼的角度看，这就是孝。”大臣们都认为温峤的意见是正确的，王敦的阴谋遂被阻止。 

登基

永昌元年（322年）闰十一月初十日，司马睿去世 ，闰十一月十一日，皇太子司马绍即皇帝位，大赦天下，是为晋明帝，尊生母荀氏为建安郡君。 太宁元年（323年）二月，司马绍将父亲晋元帝安葬在建平陵。 六月初六日，司马绍立妃庾文君为皇后。 

王敦虽于永昌元年（322年）就回到武昌遥控朝廷，但因为图谋篡位，于太宁元年（323年）暗示要朝廷征召自己入朝，司马绍于是以手诏征召王敦。同年，王允之乘酒宴而知道王敦的图谋，于是回京告诉其父王舒，王舒于是与王导一同报告晋明帝，得以早作防备。 

及后，司马绍积极准备京师建康的防护 ，最终于当年七月成功击败王敦派来进攻的军队，平定了王敦之乱。王敦之乱被平定后，司马绍下令不再问罪于王敦一众官属，又分别以应詹为江州刺史、刘遐为徐州刺史、陶侃为荆州刺史、王舒为湘州刺史，重整各州形势，消除王敦以王氏宗族各领诸州以凌弱帝室的失衡情形。 

去世

太宁三年（325年）三月初二日，司马绍立长子司马衍为皇太子。 闰八月十九日（10月12日），司马绍健康状况不佳，召太宰、西阳王司马羕，司徒王导，尚书令卞壶，车骑将军郗鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹杨尹温峤，一起接受遗诏，辅助皇太子司马衍。闰八月二十五日（10月18日），司马绍病逝于东堂，享年二十七岁。闰八月二十六日（10月19日），皇太子司马衍即皇帝位 ，是为晋成帝，为父亲司马绍上谥号为明皇帝，庙号肃祖（《资治通鉴》作肃宗 ）。九月十一日，司马衍将司马绍按葬于武平陵。