及沃野镇人破六韩拔陵反叛，临淮王元彧讨之，失利，诏元深为北道大都督，受尚书令李崇节度。时东道都督崔暹败于白道，时不纳其策。东西部敕勒之叛，朝议更思深言，遣兼黄门侍郎郦道元为大使，欲复镇为州，以顺人望。会六镇尽叛，不得施行。深后上言：“今六镇俱叛，二部高车，亦同恶党。以疲兵讨之，不必制敌。请简选兵，或留守恒州要处，更为后图。”

及李崇徵还，元深专总戎政。拔陵避蠕蠕，南移渡河。先是，别将李叔仁以拔陵来逼，请求迎援。深赴之，前后降附二十万人。深与行台元纂表求恒州北别立郡县，安置降户，随宜赈赉，息其乱心。不从，诏遣黄门郎杨昱分散之于冀、定、瀛三州就食。深谓纂曰：“此辈复为乞活矣，祸乱当由此作。”既而鲜于脩礼叛于定州，杜洛周反于幽州。其余降户，犹在恒州，遂欲推深为主。深乃上书乞还京师。令左卫将军杨津代深为都督，以深为侍中、右卫将军、定州刺史。时中山太守赵叔隆、别驾崔融讨贼失利，台使刘审考核，未讫，会贼逼中山，深乃令叔隆防境。审驰驿还京，云深擅相放纵。城阳王徽与深有隙，因此构之。乃徵深为吏部尚书，兼中领军。及深至都，肃宗不欲使徽、深相憾，敕因宴会令相和解。徽衔不已。

河间王元琛等为鲜于脩礼所败，乃除深仪同三司、大都督，章武王元融为左都督，裴衍为右都督，并受深节度。徽因奏灵太后构深曰：“广阳以爱子握兵在外，不可测也。”乃敕章武王等潜相防备。融遂以敕示深。深惧，事无大小，不敢自决。灵太后闻之，乃使问深意状。深以兵士频经退散，人无斗情，连营转栅，日行十里。行达交津，隔水而陈。

贼脩礼常与葛荣谋，后稍信朔州人毛普贤，荣常衔之。普贤昔为深统军，及在交津，深使人谕之，普贤乃有降意。又使录事参军元晏说贼程杀鬼，果相猜贰。葛荣遂杀普贤、脩礼而自立。荣以新得大众，上下未安，遂北度瀛州。深便率众北转。荣东攻章武王融，战败于白牛还。深遂退走，趋定州。闻刺史杨津疑其有异志，乃止于州南佛寺。停三日夜，乃召都督毛谥等六七人，臂肩为约，危难之际，期相拯恤。谥疑深意异，乃密告津云：深谋不轨。津遣谥讨深，深走出，谥叫噪追蹑。深与左右行至博陵郡界，逢贼游骑，乃引诣葛荣。贼徒见深，颇有喜者。荣新自立，内恶之，乃害深。孝庄帝追复王爵，赠司徒公，谥曰忠武。