首辅张居正去世以后，朝廷方始起复遭他排挤出朝的官员。万历十三年（1585），已经72高龄的海瑞，赋闲16年后，又被召为南京右都御史。他作风不改，依然是两袖清风，以万历十五年（1587），病殁任上，身后萧条，集金为殓。发丧时，农辍耕，商罢市，号哭相送数百里不绝。后来赐谥“忠介”，民间呼为“海青天”。海瑞一生刚直无私，他自言“不畏死，不爱钱，不立党”，洁已爱民，砥节砺行，世所少见，其志节一直为后人景仰。著作辑为《海瑞集》出版。