嘉定三年（1210）春天，魏了翁在邛州（今四川邛崃）城西的白鹤山下创建的书院落成。因为书院在白鹤山下，而魏了翁的号又叫鹤山，这个书院就被命名为“鹤山书院”。魏了翁是南宋著名的理学家。开禧二年（1206）八月，魏了翁到嘉定做了知府。第二年，韩侂胄被杀，发动政变的史弥远逐渐掌握大权，多次召他去都城，都被他拒绝。魏了翁丁父忧辞去官职后，隐居在白鹤山下创办书院，授徒讲学。书院落成后，恰好碰上朝廷取士，他的弟子在考试中十之八九被选中，一时传为美谈。书院因此声名鹊起，各地学子纷纷慕名而来，络绎不绝。魏了翁将原来的书院进行扩建，并且搜访各地的传录图书，一共多达10万卷，他还在鹤山书院中建造了尊经阁用来藏书。鹤山书院成为南宋最著名的书院之一。