１６世纪，欧洲宗教改革运动风起云涌，猛烈地冲击着罗马天主教会在欧洲的统治。面对宗教改革潮流，罗马教廷也采取了一些自我革新措施，耶稣会就是在这样的背景下诞生的。为改变天主教在欧洲的困难局面，罗马教廷派遣耶稣会士前往中国传教，以扩大天主教的信仰领地及在东方的影响。

在南京教案（１６１６年）以前，中间也有一些教士被当地人民围殴、侮辱、住宅被捣乱、被抓坐牢、被驱逐出境等事件发生。但这都仅属于地方性的事件，影响范围不大，而且很快就平息了。但南京教难却不同，这事在利玛窦死后第六年发生，断断续续维持了好几年，后果是颇为严重的。

１６１９年７月１５日，汤若望和他的教友们抵达了澳门，被安置在圣·保禄学院里。传教士们一踏上中国土地，便开始精心研习中国语言文化，甚至以掌握北京官话为目标。这些西方修士入乡随俗，脱下僧袍，换上儒服，住进中式房屋，并潜心研究中国经史和伦理，寻找其中东西方文化的融合点。

在同朝野名流交往的过程中，这些上通天文，下知地理，又熟读汉文典籍的西方传教士，自然赢得了中国文人士大夫的好感和信任，从而达到其传播信仰的目的，这就是利玛窦开创的“合儒超儒”的传教策略。但有些狂热的传教士们，认为利玛窦过于迁就中国人，影响了天主教的“纯正性”，发展教徒速度太慢。在利玛窦去世之后，开始改变利氏的传教路线，采取激进式的传教方式，坚决排斥儒家思想，严禁中国教民祭天、祭祖、拜孔子，激起了社会人士的反感与怀疑，酿成“南京教案”，传教士们被驱逐，在中国内地几乎无立足之地。