万历六年（1578）夏，治黄专家潘季驯再次出任工部侍郎兼右都御史，总理河漕治理黄河。万历三年（1575），黄河、淮河洪流四溢，经年不治，相继决口。万历六年（1578）二月，明神宗采纳张居正的建议，改刑部右侍郎潘季驯为工部侍郎兼右都御史总理河漕。同年六月二十五日，潘季驯上奏《两河经略疏》，提出各项治黄措施，并就治理黄河、淮河下游及运河进行了全面规划。明神宗批准其建议。翌年冬天，潘季驯奏报黄淮两河工程，共花56万多两银，比原计划减少24万两，修筑土堤102000多丈，石堤3000多丈，堵塞决口139处，修建滚水坝4座，开挖河道两条，疏浚运河淤浅11000多丈，栽种护堤柳832000多株。“一岁之间，两河归正，沙刷水深，海口大辟，田庐尽复，流移功业。”此后数年，黄河无大患，漕运也较为畅通。