同治三年陕西和甘肃发生叛乱，当时的西北军为了镇压叛乱，出动了大批的士兵，从而导致当时的新疆守卫薄弱，于是，有强大野心的沙俄帝国趁虚而入，占领了新疆塔城和额尔齐斯河流域，并逼迫当时的新疆将军签订《中俄勘分西北界约记》，吞并了新疆东部的大片土地，而当时又出现了一个叫阿古柏的人占领新疆，继而成立了哲德沙尔汗国。在同治十年间，阿古柏在天山南路，沙俄帝国趁机出兵占领了新疆伊犁地区，清政府多次要求沙俄帝国归还伊犁，但沙俄帝国都没有同意，后来清政府派遣特使谈判，特使被胁迫签订了一份条约使清政府对伊犁丧失主权，引起清政府朝野震动，清政府再次派遣特使出使谈判，虽然这次沙俄帝国答应归还伊犁，但是伊犁西边的领土归属沙俄。