正当张居正为明朝的兴盛而从政不倦，他却染病在身，于万历十年（1582）六月死于京师。神宗为之辍朝，追赠上柱国，令四品京卿、锦衣堂上官、司礼太监护柩至江陵安葬，赐谥“文忠”。但为时不久，张居正却受到不公正的待遇。万历十一年三月，神宗下令追夺张居正上柱国、太师爵衔，且削去其谥号，将其子锦衣卫指挥张简修罢职为民。万历十二年四月，神宗又委派司礼监太监张诚与侍郎丘橓等前往江陵籍没张居正家产，张居正长子、礼部主事张敬修，不胜酷刑拷打，被迫自缢死。经首辅申时行、刑部尚书潘季驯等大臣极力劝请，神宗方才略发慈悲，令留空宅一所，田10顷，用以赡养张居正年逾八旬的老母。八月，神宗再次下诏尽削张居正官阶，追夺以前所赐玺书及四代诰命，并且将张居正“罪状”颁示天下。而张居正的弟弟都指挥张居易、儿子编修张嗣修都被发戍乌烟瘴气之地。张居正当权时颁布的一些改革法令也被中止施行。