元始天尊地位虽高，但记载却比太上老君要晚。道教形成初期并无“元始天尊”的说法，《太平经》、《老子想尔注》等均无记载，在中国神话传说中，也无来历可寻。根据道书的记载：最早出现“元始”之名的是晋葛洪的《枕中书》，书中记载：混沌未开之前，有天地之精，号“元始天王”，游于其中。后二仪化分，元始天王居天中心之上，仰吸天气，俯饮地泉。又经数劫，与太元玉女通气结精，生天皇西王母，天皇生地皇，地皇生人皇，其后庖羲，神农皆苗裔也。并曰：“玄都玉京七宝山，在大罗之上，有上、中、下三宫。上宫是盘古真人元始天王、太元圣母所治。”此时，还只有元始天王的称呼。直到南朝时，梁陶弘景《真灵位业图》才始有“元始天尊”之号。该书第一阶中位神为“上台虚皇道君”，应号“元始天尊”，称“玉清境元始天尊”为主。但是书中又有一“元始天王”，列为第四中位左位第四神。《隋书·经籍志四》始予元始天尊以诸神特性，称他“生于太元之先”，“天尊之体，常存不灭，每到天地初开，授以秘道，谓开劫度人。然其开劫，非一度矣，故有延康、赤明、龙汉、开皇，是其年号，其问相距经四十亿万载，所度皆诸仙上品，有太上老君、太上丈人、天皇真人，五方五帝及诸仙官”。

关于元始天尊的名称，因其生于混沌之前，太无之先，元气之始，故名“元始”。《初学记》卷二三引《太玄真一本际经》解释说：“无宗无上，而独能为万物之始，故名元始。运道一切为极尊，而常处二清，出诸天上，故称天尊。”《历代神仙通鉴》说：“元者，本也。始者，初也，先天之气也。”认为元始是最初的本源，为一切神仙之上，故称“天尊”。

陶弘景编定之《真灵位业图》称元始天尊位居三十六天的最上层“大罗天”中，所居仙府称为“玄都玉京”。玉京之中，黄金铺地，玉石为阶，宫中有七宝、珍玉，仙王、仙公、仙卿、仙伯、仙大夫等居于中央和两旁的仙殿中，众神仙都要按时上玉清境朝拜元始天尊。

据《历代神仙通鉴》记载，元始天尊“顶负圆光，身披七十二色”，故供奉在道教三清大殿中的元始天尊一般都头罩神光，手执黍珠，或者左手虚拈，右手虚捧，象征“天地未形，混沌未开，万物未生”时的“无极状态”和“混沌之时，阴阳未判”的第一大世纪，故以阳生阴降、昼短夜长的冬至日为元始天尊的圣诞。

上清派认为太上老君、灵宝天尊、天真皇人、五方天帝等神仙皆是元始天尊所度。上清派宗师陶弘景所著《真灵位业图》将天地宇宙中的神灵共分七阶，第一阶玉清境的中位即最高位：“上合虚皇道君，应号元始天尊”，从而正式确立了元始天尊在茅山上清派乃至整个道教体系中的独尊地位，又通过称元始天尊“上合虚皇道君”，使得早期上清尊神高上虚皇道君等的地位得到保证。