天聪九年（1635），大军伐明，穆尔祜从贝勒多铎率偏师入宁远、锦州一带牵制明军，使其无法支援山西。大军抵大凌河，击斩明将刘应选，追奔至松山，获马二百，克台一，并有功。

崇德元年（1636），封辅国公。

崇德七年（1642）十月，与兄长杜尔祜因怨望同得罪，削爵，黜宗室籍。

顺治元年（1644），从定国大将军、豫亲王多铎南征，破李自成于潼关，先后拔两营。贼犯我噶布什贤兵，穆尔祜同参领鄂博击败之。又设伏山隘，贼自山上来袭，败其众。

顺治二年（1645），复入宗室，封三等镇国将军。

顺治三年（1646），进一等镇国将军。从多铎征苏尼特部腾机思等，击败土谢图汗及硕雷汗兵。

顺治四年（1647），进辅国公。

顺治五年（1649）十二月，从敬谨郡王尼堪击大同叛将姜瓖，在宁武关大破敌军。

顺治六年（1650）十月，进固山贝子。

顺治九年（1653）七月，复从定远大将军、敬谨亲王尼堪征湖南，赐蟒衣、鞍马、弓矢。大军至衡州，亲王尼堪战殁。贝勒屯齐代其军，与穆尔祜合营，击败南明桂王朱由榔部将孙可望与都督冯双礼军于周家坡，获马七百。

顺治十一年十月（1654年）七月，议随敬谨亲王战殁罪，革去固山贝子。十二月二十二日申时，年38岁逝世。