张格尔，生于中亚地区的浩罕王国。本名和卓·亚海亚，尊称“张格尔和卓”，翻译过来就是“世界的和平”的意思。

张格尔的爷爷是大和卓布拉呢敦，其爷爷的弟弟乃小和卓霍集占。张格尔的这两个爷爷跟道光的爷爷乾隆对着干，闹叛乱，被乾隆灭了。大和卓的儿子、张格尔的父亲萨木克在大、小和卓灭亡后出逃葱岭西边的浩罕国，清政府每年拿一万两白银，让浩罕国国王代为监视萨木克。

萨木克逃至浩罕后生有三子，次子即张格尔。张格尔野心勃勃，时刻梦想在南疆恢复和卓家族的统治，为此“以诵经祈福传食部落”。　张格尔继承祖业，早年曾在英国控制的阿富汗首都喀布尔留过学，接受英国人的顾问、训练和武器，并潜回新疆试图恢复其祖先和卓时代的统治。 

他从嘉庆二十五年，一直捣乱到1831年（道光十一年）。在浩罕支持下，潜入南疆发动叛乱。道光六年的一次叛乱规模最大，张格尔率浩罕、布鲁特500余人，窜回喀什噶尔（今喀什）附近，以礼拜其祖先玛杂（坟墓）为名，利用南疆各族人民的反清情绪及其宗教影响，集众万余人发动叛乱。先后攻占喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田等城，自称赛义德·张格尔苏丹，复辟和卓的封建统治。清政府命伊犁将军长龄调集吉林、黑龙江、陕西、甘肃、四川清军万余人，会师于阿克苏，组织全面进攻，相继收复喀什噶尔等城。道光八年初，张格尔逃至喀尔铁盖山被清军擒获，解至北京处死，叛乱平定。 

1817年，浩罕汗反复提出在喀什噶尔享受贸易特权的要求，并以要放出和卓们相威胁。清朝的答复是停止对他的茶、钱赏赐，并撤销他派遣使节到北京的有利可图的特权。浩罕于是派遣两名使节提出一个折衷方案：浩罕派遣两名没有司法权限的代表驻在喀什噶尔，简称为“阿克沙哈勒”（直译为“灰白胡子”，即长者）。清朝再次拒绝，打发使节们回去，并对他们的货物足额征税；因此，浩罕汗就利用在浩罕的萨木萨克之子张格尔和巴布顶，放出了宣称要发起一场圣战的张格尔。张格尔召集了一支主要由柯勒克孜人组成的数百人的军队，打回他祖先的“六城”地区。

清朝的军队很快击溃了入侵者，张格尔逃回浩罕时只剩下二、三十人，但是他的入寇表明阿法其·玛赫杜姆的残余势力仍存。当浩罕在8年再次和喀什噶尔交涉，试图再次取得1809年的免税常规时，清政府恢复了汗国的贸易和进贡权利，但不许免税，并且仍然拒绝一名浩罕使节留驻在清领土内的要求。然而，就在这一年，浩罕的统治者死了，张格尔逃进了他的柯勒克孜盟友的领土上。于是，清朝和浩罕政府便失去了达成协定的机会。1824年，和卓开始以一支有数百名柯勒克孜人的队伍骚扰清朝边境。这时否认了对张格尔的一切责任的浩罕，在1825年又一次试图为他的商人取得免交关税的特权，但没有成功。但收获是可观的，因为根据一份俄国的报道，每天有一百到三百头骆驼从中国本部驮来货物。

如果不是一个清朝官员的愚蠢，张格尔的“圣战”也许已成泡影：这官员带着二百名骑兵在1825年攻打这个和卓时，没有捉到他，反而屠杀了一处未设防营地的柯勒克孜妇孺。当这位柯勒克孜首领发现这一暴行后，他召集了两千名骑兵把清军围困在一处峪谷中，最后把他们全都杀死。张格尔的同盟者已经击溃一支清军的消息迅速传遍塔里木盆地各城镇。和卓自己“看到中国人已经多么不得人心”，就通知浩罕汗、乌腊提尤别的统治者、昆都士的首领、各支哈萨克的头人以及柯勒克孜的首领们说，这是夺取六城地区的机会。张格尔逐渐召集起一支由喀什噶尔人、浩罕人、柯勒克孜人和哈萨克人组成的超过五百人的军队；军队中还有哈尔查斯人（山区塔吉克人），他们的黑色服装在西伯利亚引起了有欧洲人在和卓军队中战斗的流言。

1826年张格尔入侵，在进攻喀什噶尔之前先去牙忽都的阿法其陵墓祭扫，并在交战中损失了四百名士兵。当退入牙忽都时，侵略者被清帝国军队所包围，但是用火绳枪武装起来的张格尔军队突破了包围，叛乱规模迅速扩大，使和卓的队伍扩大到大约一万人。参赞大臣庆祥在此期间组织了相应的抗御，但是因叛军此时士气正盛，清军不得不在喀什噶尔城堡中设置防御，在那里庆祥处死了阿奇木伯克玉努思以及许多被认为同情侵略者的城市居民。市场位于满城外边，这使张格尔能够抢劫有助于他取得成功的贵重货物，同时起事者发泄了他们对汉族商人的愤恨。

在此以前张格尔曾派遣一名使者去浩罕要求增援，将来以分享掳掠物为酬报（当时有“百回兵不如一安集延”之语）；但把张格尔的军队看作“兵痞”的浩罕政府，宁愿自己主动参加这场冲突。总之，浩罕汗穆罕默德（旧译“马哈木”）阿里亲自带领一支八千至一万人的骑兵到来，张格尔骑在马上和他相会，以表示和卓拒绝承认浩罕统治者是他的汗。根据一个史料记载，汗的军队“对在据点中的中国将军发动突然袭击”，并“歼灭了中国军队”。其他史料记载却指出，当汗到达时张格尔自己已经控制了局势；或者说，汗被告知，张格尔已安排了一个在宴会上杀死他的阴谋计划。汗无法使张格尔“信赖”；而和卓又妒忌阿里并且“怀疑他不可靠”，就撤军北去。汗对喀什噶尔城堡进行了几次不成功的攻击，试图用火药炸开城墙。但是守卫者用箭、滑镗枪、掷石器、大炮（？）和火油来回击。这场屠杀的规模是如此之大，以致“地脉中沸腾着一条血的河流”。经过十二天的战斗并失去他的一千士兵之后，阿里汗灰心丧气地撤走了。张格尔说服了一部分浩罕骑兵留下来参加他的队伍。

十个星期以后，清朝驻军耗尽了水和粮食；它的指挥者自杀，士兵们乘着夜色逃走，但被追上和遭到屠杀，只有四百名东干人或信伊斯兰教的清兵（回族）除外。张格尔进入了喀什噶尔城。英吉沙尔、叶尔羌与和阗的居民也叛乱了。玛赫杜姆家族的军队夷平了这些城市中的满城，并且派遣使节将俘虏送到布哈拉、昆都士、巴尔赫、基发等地，在哈萨克人中间示众，以炫耀胜利。

张格尔没有再从浩罕那里取得援助，而叛军内部深深地陷于分裂。黑山派出于反对他们的白山派敌手的目的依旧依附清朝。在某些地方白山派试图促使黑山派转变，但是在别处，特别是在和阗，他们用他们的转为优越的地位来算老帐。因而，亲清的阿克苏的阿奇木伯克伊萨克穆罕默德鄂对（亦即在十八世纪曾帮助清朝征服六城地区的库车鄂对的玄孙），就派遣密使到和阗去散播不和。伊萨克本人是哈迪里亚派的信徒，没有发现他与纳赫什班迪教团的黑山派有什么联系，但黑山派的伯克们响应伊萨克煽动，夺取了和阗的控制权并宣称他们效忠于清帝国。由于大雪阻碍了满洲人派兵来援，白山派的军队重新恢复了张格尔的权威，只有黑山派的和阗伯克中一个名叫阿明的人带着两千名属民逃到阿克苏。张格尔在此期间编造了喀什噶尔的财产清册，把没收来的巨额公私财产的大部分当薪饷付给了他军队中的浩罕人。他抢掠了伯克们的家，“向富商大量敲榨勒索”，并“对人民实行暴虐统治”。他纵人大肆屠杀，甚至使得白山派的支持者都感到了失望。

1827年初，总数为二万二千人的清军，从阿克苏出发攻打张格尔。荒凉的土地迫使他们差不多要携带人和牲畜所需的全部粮秣，才能勉强满足军队的巨大的给养需要。张格尔逃往山区，他的士兵带走了“巨大价值的资产”，这些都是清军快到来时他们从六城地区居民那里抢来的东西。最富有和最重要的白山派同情者同他们一起迁居到浩罕领土内。当清军八千人在帕米尔搜捕和卓未能成功之后，朝廷转而开始肃清余党，并在喀什噶尔安排了一支八千人的驻军，而把九千名军队撤回中国本土。一支穆斯林民兵也编成了。

清朝接着向所有邻近的统治者发出牒文，要求引渡张格尔。穆罕默德阿里厚着脸皮接连派了两个使者到喀什噶尔去，否认他曾援助过张格尔，并提出愿意派遣一支万人的军队去捕捉他，假如北京愿意付出费用的话。清政府被激怒了，一度想要切断六城地区的全部对外贸易。

当帝国军队前进时，清帝要求他的最高级官员考虑在西部六城地区废除伯克官制，用一种象青海和东部康区那样的土司制度来取代。伊犁将军长龄提出这样的建议：任命一个羁养在北京的玛赫杜姆家族成员做喀什噶尔统治者，用以赢得人民的同情，并保护六城地区不受张格尔和浩罕的侵犯。武隆阿则主张一并放弃喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌与和阗，而在它们的东面设置一道坚固的防线。由于这些建议被认为是失败主义的和不能接受的，清帝委派直隶总督那彦成去管理六城地区，并颁布赏格，对凡能俘获张格尔的人给予官爵和酬金。控制六城地区是很重要的。在发生麻烦的那一年，清当局曾发现一个名叫亚历山大·加德纳的英国人，他乔装打扮，穿着土著服装，从巴达赫尚通过叶尔羌进入拉达克。

1828年，伊萨克穆罕默德鄂对派了一名间谍到山中散布清

军撤退的假消息，并收买了张格尔的柯勒克孜族岳父他依拉克，使和卓带着五百人回到了新疆。当张格尔发觉到自己是受骗上当时他逃跑了，但这时柯勒克孜人没有帮助他，一个后来在鸦片战争中扮演重要角色的中国官员杨芳将他捕获。张格尔的一部分追随者逃掉了，其中有一大批刀朗人（即和卓的家奴——译者）逃到了浩罕。另一些人逃到了拉达克，拉萨的驻藏大臣派遣特使到列城去要求引渡他们，拉达克王即予照办。白山派认为伊萨克穆罕默德鄂对应对张格尔的被俘直接负责。作为奖赏，清朝指定他当喀什噶尔的阿奇木伯克。

平定张格尔叛乱，打击了新疆地区的民族分裂势力，维护了国家边境安全，是近代中国反侵略历史上具有重要意义的大事。