早期经历

吴当幼承祖训，以聪慧和踏实著称。长大后，精通经史百家，侍奉其祖父吴澄到京城，补国子生。吴澄去世后，吴澄的学生跟随吴当毕业。

至正五年（1345），以父荫，授万亿四库照磨，未上任，改任国子助教。吴当勤讲解，严肄习，诸生皆乐于跟随。吴当参与编纂《辽史》、《金史》、《宋史》。书成，任翰林院修撰。

至正七年（1347），迁国子博士。

至正八年（1348），升国子监丞。

至正十年（1350），升国子司业。

至正十一年（1351），迁朝林待制。

至正十二年（1352），改任礼部员外郎。

至正十三年（1353），擢监察御史，后复任国子司业。

至正十四年（1354），迁礼部郎中。

至正十五年（1355），任翰林直学士。

平叛江西

江南兵乱已经持续五年，大臣推荐吴当世居江西，习知江西民俗，且其才能可以担当重任，下诏特授江西肃政廉访使，与江西行省参知政事火你赤、兵部尚书黄昭，招捕江西诸郡，便宜行事。由于朝廷兵力不足，吴当召募民兵，由浙江入福建。至江西建昌境内，招安新城孙塔，擒杀李三。吴当进攻南丰，匪首郑天瑞遁逃，郑原自刎而死。

至正十六年（1356），吴当调检校章迪率本部兵，与黄昭夹攻抚州，剿杀首寇胡志学，进兵收复崇仁、宜黄。于是建昌、抚州两郡平定。参知政事朵歹总管抚州、建昌的军队，积年无功，嫉妒吴当屡战屡捷，功在己上，又认为南人不宜总兵，于是传播谣言，说吴当与黄昭皆与贼寇勾结。下旨解除二人兵权，吴当任抚州路总管，黄昭任临江路总管，负责供给平章火你赤军。火你赤杀害吴当的从事官范淳及章迪，将士皆愤怒不平，吴当告诉大家：“上命不可违也。”而火你赤又上奏弹劾吴当和黄昭。”吴当与黄昭皆被罢职除名。

隐居而逝

至正十八年（1358），火你赤自瑞州还龙兴，吴当、黄昭皆随军不敢去。起初，吴当与黄昭平贼功劳的奏报，自广东由海道未达京师，而朵歹、火你赤等公牍先至，故朝廷听取片面之词，责备吴当、黄昭，皆贬官。等到吴当、黄昭的奏报到达后，才知道两人被诬陷，诏拜吴当为中奉大夫、江西行省参知政事，黄昭为湖广行省参知政事。任命未到，陈友谅已攻陷江西诸郡。火你赤弃城而逃。吴当戴黄冠，穿着道士服，闭门不出，专心著书。陈友谅遣人征召，吴当卧床不食，以死自誓。于是将吴当连带所卧之床装到船上，送往江州，拘留一年，终不为屈。后隐居庐陵吉水之谷坪。

至正二十年（1360），病逝，享年六十五岁。

著有《周礼纂言》、《学言稿》。

祖父：吴澄

父：吴文，官至同知柳州路总管府事。

叔父：吴京，官至翰林院典籍官。